Costruita sui resti di un precedente tempio greco, la chiesa di San Pietro ha assunto le fattezze attuali attraverso diverse modifiche effettuate durante i secoli, a partire dall'epoca paleocristiana; si tratta dunque della chiesa cattolica più antica di Taormina.

Successive modifiche si ebbero in periodo bizantino; a questo periodo sembra che appartenga un abside sporgente accanto alla facciata.

La facciata è del XVIII secolo, in stile barocco.

Diverse campagne di scavo sotto la chiesa hanno portato in luce diversi resti architettonici del tempio greco, una testa di Zeus ed una "Tavola dei Ginnasiarchi": una stele, in seguito conservata nel convento dei cappuccini, in cui era registrato l'elenco dei magistrati che reggevano il Ginnasio.

L'interno della chiesa è del XII secolo.

In una piccola abside dietro l'altare maggiore, degli affreschi quattrocenteschi rappresentano i dodici Apostoli.

Sotto il pavimento della chiesa sono state ritrovate numerose sepolture, le ultime delle quali sono state effettuate in epoca recente.

La chiesa si trovava al centro di una vasta area cimiteriale di cui alcune tracce sono ancora visibili lungo la via Pirandello e nel giardino dell'hotel Villa Carlotta.

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